Jurnal Ilmiah Nasional:

1. “Hermeneutik Kontekstual: Sebuah Konstruksi Berdasarkan Filsafat Hermeneutik Modern” dalam Jurnal Nasional Ber-ISSN Arumbae Pascasarjana Teologi UKIM, DOI: https://doi.org/10.37429/arumbae.v2i2, Tahun 2020.
2. Margaretha M. A. Apituley, Hengki Hetharia, Roland Samson, “Dampak segregasi terhadap persepsi antar umat beragama di Kota Ambon pasca konflik social”, dalam Jurnal Nasional ber-ISSN 2088-2726, Tifa Teologi, Volume 3, No. 1, April 2004, Pascasarjana Teologi Universitas Kristen Indonesia Maluku.

Proseding Seminar

1. “Bameti dan Balobe”
   Interupsi Perempuan Maluku Terhadap Cara Pengelolaan Laut Yang Destruktif Di Masa Kini (Tinjauan Ekofeminis) – Prosiding seminar online Pusat Study Feminis Fakultas Teologi Universitas Kristen Duta Wacana 2021 (ongoing 2022).
2. Teologi Laut (Suatu konstruksi kosmologi Israel kuno dan masyarakat Titawaai, di Pulau Nusalaut-Maluku), Prosiding seminar nasional Program Studi Magister Teologi, UKAW, 2022 (ongoing)

Buku

1. Teologi Laut (Mendialogkan makna laut dalam Keluaran 14-15 berdasarkan kosmologi masyarakat Titawaai di Pulau Nusalatu – Maluku dengan Kosmologi Israel kuno). Penerbit BPK. Gunung Mulia (ongoing tahun 2022)

Artikel Buku:

1. Yulius Rato, Johny S. Sitorus, Margaretha M. A. Apituley, “Allah, Manusia dan Ekosistem: Tafsir Naratif Terhadap Kejadian 2: 4b-25”, dalam Alpius Pasulu, Abraham Silo Wilar (eds.), Dari Kejadian Hingga Budaya Populer: Pemikiran Kontemporer Teolog Muda Protestan, Pyramida Media Utama, Juni 2010.
2. Joice Triana Thomas, Margaretha M. A. Apituley, “Hamba Tuhan yang Menderita: Tafsir terhadap Yesaya 52: 13 – 15: 1-12”, dalam Alpius Pasulu, Abraham Silo Wilar (eds.), Dari Kejadian Hingga Budaya Populer: Pemikiran Kontemporer Teolog Muda Protestan, Pyramida Media Utama, Juni 2010.
3. Margaretha M. A. Apituley, “Ideologi Pembaharuan : Kritik Ideologi terhadap Yesaya 6 : 10-13 dan relevansinya”, dalam Alpius Pasulu, Abraham Silo Wilar (eds.), Dari Kejadian Hingga Budaya Populer: Pemikiran Kontemporer Teolog Muda Protestan, Pyramida Media Utama, Juni 2010.
4. Margaretha M. A. Apituley, “Pasar : Media Ekonomi pencipta rekonsiliasi di Ambon”, dalam Alpius Pasulu, Abraham Silo Wilar (eds.), Dari Kejadian Hingga Budaya Populer: Pemikiran Kontemporer Teolog Muda Protestan, Pyramida Media Utama, Juni 2010.
5. Margaretha M. A. Apituley, “Menjadi Gereja Yang Hidup: Berteologi dalam Konteks “Konflik Agama” di Tolikara, dalam A. M. L. Batlajery dkk (Peny.), Jelajahi Sejarah Meraup Makna, Satya Wacana University Press, 2019.
6. Margaretha M. A. Apituley, “Perempuan dan Laut: Berteologi dari Laut untuk Keadilan bagi Perempuan yang Tertindas”, dalam Rolland A. Samson dkk (Eds.), Berteologi untuk Keadilan dan Kesetaraan, Kanisius, 2020.