1. Menyelenggarakan tridharma perguruan tinggi yang berkualitas dan mampu memenuhi tuntutan masyarakat pengguna lulusan (stakeholders) jasa pendidikan tinggi.
2. Menyelenggarakan program pendidikan tinggi yang berdaya saing dan dapat mendukung daya dharma masyarakat kepulauan, serta relevan dengan tuntutan pengguna lulusan (stakeholders) jasa pendidikan tinggi dalam memajukan pekembangan IPTEKS.
3. Menyelenggarakan pengelolaan pendidikan tinggi yang profesional dan akuntabel serta dapat bekerjasama dengan berbagai pihak baik di dalam maupun di luar negeri untuk menopang pengembangan dan kualitas penyelenggaraan tridharma perguruan tinggi yang berkelanjutan.
4. Membentuk insan akademik yang menjunjung tinggi nilai-nilai budaya dan iman Kristiani untuk membentuk karakter manusia yang beradab, inklusif, bermartabat, berintegritas, menjunjung tinggi nilai-nilai kemanusiaan, kejujuran, kebenaran, keadilan, cinta kasih dan damai sejahtera.

Untuk mencapai visi dan misi tersebut, maka tujuan dan sasaran UKIM adalah Meningkatkan perluasan akses pendidikan tinggi secara kualitas dan kuantitas demi mewujudkan idialisme UKIM sebagaimana terumus di dalam Pola Ilmiah Pokok UKIM yakni “daya darma masyarakat kepulauan”, dimana masyarakat di Kepulauan Maluku memiliki kemampuan IPTEK, inovasi, keunggulan dan daya saing dalam kerangka nasionalisme Indonesia.”