UKIM telah menjalin kerjasama dengan berbagai lembaga lain baik dalam maupun luar negeri, sebagai berikut:

PEMERINTAH:

1. Pemerintah Kota Ambon
2. Pemerintah Kabupaten Seram Bagian Barat
3. Balai Prasarana Permukiman Wilayah Maluku
4. Balai Wilayah Sungai Maluku
5. Balai Pengelola Transportasi Darat (BPTD) Wilayah XXIII Provinsi Maluku
6. BPS Provinsi Maluku
7. Dirjen Pajak Kemenkeu RI
8. Pusat Jasa Informasi Perpustakaan dan Pengelolaan Naskah Nusantara – Perpustakaan Nasional RI
9. Pusat Pengembangan Perpustakaan Sekolah/Madrasah dan Perguruan Tinggi – Perpustakaan Nasional RI
10. PMI Kota Ambon

Mitra Dalam Negeri:

1. PT. Profesional Telekomunikasi Indonesia
2. Universitas Padjajaran
3. Fakultas Keperawatan Universitas Padjajaran
4. Universitas Kristen Petra
5. Universitas Pattimura
6. Universitas Muhammadiyah Jakarta
7. Universitas Kristen Maranatha
8. Universitas Kristen Indonesia Paulus
9. Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta
10. Universitas Atma Jaya Yogyakarta
11. Universitas Efarina
12. Institut Agama Islam Negeri Ambon
13. Akper Rumkit Tk. III Dr. J. A. Latumeten Ambon
14. Sekolah Tinggi Filsafat Diryarkara Jakarta
15. Yayasan Heka Leka
16. RS Sumber Hidup Ambon
17. Ketua BPC HIPMI Kota Ambon

Mitra Luas Negeri:

1. Van Deventer- Maas Indonesia