Pascasarjana UKIM dimulai dengan pembukaan Program Studi Magister Agama dan Kebudayaan pada tahun 1997. Setelah berlangsung selama 17 tahun, pada tahun 2014, terjadi perubahan kurikulum, sehingga nama program studi ini berubah dari Agama dan Kebudayaan menjadi Program Studi Magister Teologi Kristen Protestan (TKP). Pada tahun ini juga, program studi ini mendapat akreditasi B dari BAN PT dan reakreditasi pada tahun 2019 dengan hasil B. Kemudian pada Tahun Akademik 2019/2020, dengan ijin penyelenggaraan Nomor 259 Tahun 2019 dari Dirjen Bimbingan Masyarakat Kristen Kementerian Agama RI, dibuka program studi Doktor Teologi Agama dan kebangsaan. Dengan demikian, Pascasarjana UKIM mengelola dua (2) program studi, yaitu Program Studi Magister Teologi Kristen Protestan (TKP) dan Program Studi Doktor Teologi Agama dan kebangsaan (DTAK).
Progran Studi Magister TKP telah menghasilkan banyak lulusan yang mengabdi bukan saja di Maluku tetapi juga di wilayah lain di Indonesia, seperti Papua dan Maluku Utara. Mayoritas lulusan magister TKP mengabdi sebagai pendeta di GPM. Sekalipun demikian program studi magister TKP ini bersifat lintas denominasi dan aliran gereja. Kesadaran kemajemukan menjadi salah satu nilai yang diperjuangkan oleh program studi ini. Karena itu, kerjasama dengan IAIN Ambon terus dikembangkan, baik dalam proses perkuliahan maupun pembimbingan penulisan tesis mahasiswa
Urgensi penyelenggaraan program studi (prodi) DTAK tidak dapat dilepaskan dari kerusuhan yang terjadi di provinisi ini selama lima tahun sejak tahun 1999. Kerusuhan yang mengerikan itu terjadi karena agama digunakan sebagai alat yang memperuncing pertikaian. Peristiwa itu adalah contoh nyata yang bukan saja dapat menghancurkan tatatanan kehidupan sosial antara sesama orang Maluku, tetapi juga dapat menghancurkan kesatuan NKRI. Oleh karena itu dibutuhkan suatu kajian akademik yang sungguh-sungguh tentang hubungan antaragama dalam bingkai kebangsaan Indonesia. Prodi DTAK pada hakikatnya bertujuan menghasilkan pengetahuan agama dan kebangsaan tingkat advance. Atas dasar pertimbangan itu, maka profil lulusan Program Doktor Agama dan Kebangsaan UKIM dirumuskan sebagai berikut:
“Akademisi/cendekiawan agama dan kebangsaan, dan praktisi agama dan kebangsaan (aktivis, promotor dialog antar agama), yang menjadi pelopor dalam mengembangkan kegiatan-kegiatan dan karya akademik tentang hubungan antara berbagai komunuitas agama dalam kehidupan bersama sebagai suatu bangsa”.
Sejak dibuka pada Tahun Akademik 2019/2020, program studi DTAK menerima mahasiswa dari berbagai disiplin ilmu, profesi dan agama: ada dosen, guru agama, politikus, pegiat LSM dan pendeta. Tahun Akademik 2020/2021 adalah tahun ketiga (3) penyelenggaraannya, dengan total mahasiswa berjumlah 17 orang.
Jl. OT Pattimaipauw, Tanah Lapang Kecil
Ambon – 97115, Maluku, Indonesia
Email: info@ukim.ac.id